מרבית נחלי ישראל נמצאים תחת לחצי עקה מרובים ומשולבים, והבולטים בהם הם מחסור במים וזיהום. חלק מהסיבות לכך הן ליקוי ארגוני וחוסר הבנה של מבנה המערכת האקולוגית, תפקודה וצרכיה. שמירה על הנחלים ושיקומם אמורים לצאת "מהנחל החוצה". המערכת האקולוגית של הנחל היא הרגישה ביות,ר והיא המכתיבה את תנאי הסף. החלמה של מערכות הנחלים בישראל מחייבת סילוק של גורמי הזיהום, הקצאה של מים באיכות מי המקור ומתן אפשרות לשיטפונות למלא את תפקידם כמפעילים וכמתחזקים של מערכת הנחל

שיקום נחלים מחייב הבנה יסודית של מבנה מערכת הנחל ותפקודה. הגאומורפולוגיה בשילוב עם ההידרולוגיה מעצבות את הפיזיוגרפיה של הערוץ וקובעות את איכות המים. בעידן המודרני נוסף האדם כגורם-על המעצב מערכות אקולוגיות. מרבית נחלי ישראל פגועים קשות עקב שילוב חסר תקדים בעוצמתו של הטיית מקורות המים ושל זיהום שרובו מקולחים ביתיים ותעשייתיים

מה שהיה בנחלי ישראל בטרם התערבות האדם לא ישוב ויהיה, אך ראוי שלפחות במקרים נבחרים, נכסי הטבע שאפיינו את נופי הנחלים ואת תפקודם דורות רבים, יישמרו גם עבור הדורות הבאים

מאמר זה מתאר את ההשפעות האפשריות של שינוי האקלים על המגוון הביולוגי בישראל והמלצות ראשוניות להיערכות לקראתו. 103 מומחים תרמו באופן ישיר ועקיף לסקירה, ומכאן עולה קריאתם להקמת מרכז לאומי לחקר שינוי האקלים בישראל

צפיפות האוכלוסין והפיתוח המואץ בישראל מאיימים על המגוון הביולוגי. במחקר זה נבחנה האפשרות להקים ברכת חורף בשטחים חקלאיים כדי למשוך מגוון מינים וליצור בית גידול מתאים

אגם הכינרת סבל ב-15 השנים האחרונות מתנודות מפלס קיצוניות, והמערכת האקולוגית של הכינרת סובלת מחוסר יציבות בשל פעילות האדם