בזכות שיתוף הפעולה המצוין עם החקלאים השלימו בשנים האחרונות בהצלחה מושבות הקינון בעמק החולה, בעמק המעיינות, בעמק יזרעאל ובדרום הגולן את מחזורי הרבייה, וגידלו דורות חדשים של שדמיות.

הדגה, מפלס המים, הקורמורנים וגורמים אקולוגיים אחרים הם חלקים בפאזל היוצר את המשבר האקולוגי בכינרת. יש קשר בין ניהול האגם ומפלס המים לבין גודל אוכלוסיות הדגים והשלל, וסמנים ביולוגיים מדאיגים רבים אחרים. לטענת חוקרי המעבדה, אי-היציבות במפלס היא הסיבה לחוסר היציבות של המערכת כולה